Có truyền thuyết trong dân gian cho rằng Niijima và Shikinejima trước đây từng là một hòn đảo chung, và được tách ra thành hai đảo riêng một trận sóng thần trong Động đất Nguyên Lộc (Genroku) vào năm 1703.

Đã có người cư trú ở hòn đảo này ngay từ thời kỳ đồ đá mới (thời kỳ Jōmon). Với nguồn nước và hải sản dồi dào từ hải lưu Kuroshio ấm áp đã tạo điều kiện thuận lợi cho con người cư trú trên đảo từ thời kỳ Heian qua thời kỳ Edo.